موزه باستان‌شناسی خراسان شمالي که در طبقه فوقاني بناي عمارت مفخم قرارگرفته داراي 5 بخش اصلي هست که متناسب با تقسیم‌بندی ادوار فرهنگي و گاه نگاری معیار باستان‌شناختی تحت عنوان بخش پیش‌ازتاریخ، بخش تاريخي، بخش اسلامي، بخش سکه و مهر و بخش مرکز سفال ساماندهي و معرفی ‌شده است.

اين موزه با دارا بودن شاخص‌ترین بقايا و آثار برجا مانده از دوره‌های مختلف باستان‌شناسی منطقه پذيراي بازدیدکنندگان و علاقه‌مندان به فرهنگ غني استان خراسان شمالي است.